Los síntomas mas comunes de la endometriosis son dolor antes de y durante las menstruaciones, (usualmente peor que los calambres menstruales “normales”). Dolor durante y después de las relaciones sexuales, infertilidad, y hemorragias abundantes o irregulares. Otros síntomas pueden incluir fatiga; defecaciones dolorosas durante los periodos de menstruación, dolor en la parte inferior (baja) de la espalda durante las reglas; diarrea o estreñimiento, y otros trastornos intestinales durante las menstruaciones. Sin embargo, algunas mujeres con endometriosis no tienen ningún síntoma. Y según los libros de medicina, la intensidad del dolor no esta siempre relacionada con la extensión de la enfermedad. Algunas mujeres con endometriosis visiblemente extensiva no sufren ningún dolor; en otras ocasiones, mujeres con unos pocos crecimientos pequeños sufren de dolores incapacitantes. Esta diferencia de síntomas es clara evidencia que es poco el entendimiento actual sobre el verdadero proceso de la enfermedad.

No todas las mujeres con endometriosis son infértiles, aunque la infertilidad comúnmente es el resultado de una condición empeorada.