Él diagnostico de la endometriosis se considera por lo general incierto hasta que se compruebe por laparoscopia. La laparoscopia es un procedimiento quirúrgico menor que se hace bajo anestesia. El abdomen del paciente es dilatado con un gas de dióxido de carbono para que sea más fácil ver sus órganos; entonces, por una incisión pequeña en el abdomen, se mete un laparoscopio (un tubo iluminado). Moviendo el laparoscopio alrededor del abdomen, el cirujano puede examinar la condición de los órganos abdominales, y si lo hace cuidadosa y minuciosamente, observa la presencia de la endometriosis

En muchos casos él medico puede sentir los crecimientos endometriales al tocarlos durante un examen pélvico. Muchas veces los síntomas indican la endometriosis, pero los libros de medicina dicen que no es bueno tratar esta enfermedad sin confirmar él diagnostico por laparoscopia. El cáncer en los ovarios algunas veces tiene síntomas iguales a los de la endometriosis, el tratamiento hormonal (sobre todo el estrógeno), que es un tratamiento común para endometriosis, podría adelantar el crecimiento de un tumor maligno. Una investigación por laparoscopio también enseña las localizaciones, la extensión, y el tamaño de los crecimientos, y pueden ayudar al medico y al paciente a hacer decisiones de largo alcance acerca del tratamiento y el embarazo de una manera mejor informada.